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AlphaFold 蛋白质结构数据库收录了两亿量级的蛋白质结构预测结果，覆盖大量物种与 isoforms。每条记录给出模型置信度（pLDDT）、比对错误矩阵（PAE）与序列比对信息，可在线查看或批量下载。
对中药药理研究，它常用于快速获得一个靶点或代谢酶的结构，作为分子对接、突变分析的起点。预测结构不等于实验结构，使用前要判断置信度是否足够支撑结论。
- 资源类型
- AI 生命科学
- 适合人群
- 科研 · 教育
- 主要领域
- 蛋白质结构预测 · 结构数据库
- 访问方式
- 免费开放；结构数据可批量下载
01怎么判断结构可用
看 pLDDT：整体高于 90 的区域通常可靠，70–90 需谨慎，低于 50 的区域多为无序区，不宜用于对接。再看 PAE 矩阵，判断结构域之间的相对位置是否可信。
02与实验结构的关系
PDB 中的实验结构仍是金标准。AlphaFold 预测适合没有实验结构的靶点，或用于生成假设；当预测与实验结构冲突时，以实验结构为准。
03局限
预测通常针对单一构象，不反映配体结合后的构象变化与动态过程；对多聚体、翻译后修饰、金属离子的处理有限。用于药物设计时，应结合分子动力学或实验验证。
